13 августа 1938 года на заседании бюро Ярославского обкома ВКП(Б) было признано необходимым создание областного партархива. В качестве помещения для архива была выделена часть подвального этажа в здании обкома ВКП(б) (бывшие столовая и кухня), площадью 193 кв. м, где разместилось хранилище, оборудованное стеллажами и отдельная разборочная комната (в настоящее время здание молодежной поликлиники). Для обеспечения сохранности документов в здании имелась военизированная охрана, вход осуществлялся по пропускам, архивохранилище опечатывалось сургучной печатью.
Главной задачей на начальном этапе работы стал прием архивных материалов от Ивановского партархива, их разбор и описание. Прием документов начался с 1 октября 1938 года и к концу декабря был принят 371 фонд в количестве 42 583 единиц хранения. Большая часть документов числились разобранными и описанными, но на деле таковыми не являлись. Поэтому работа сотрудников партархива была сконцентрирована на упорядочении архивных материалов. Весь этот тяжелый труд лег на плечи четверых сотрудников, числившихся в 1938 году в штате архива обкома.
К середине 80-х годов оба архивохранилища были заполнены документами более чем на 100%. Остро стояла проблема площадей. В 1989 году партархив отпраздновал новоселье в новом специально построенном здании. Взятый за основу типовой проект был существенно изменен. К основной конструкции была сделана пристройка, где разместились читальный зал и кабинеты. Это выгодно отличает наше здание от подобных архивохранилищ в других городах.
1991 год открыл новый период в деятельности архива. На основании Указа Президента Российской Федерации «О партийных архивах» от 24 августа 1991 года и решения Ярославского облисполкома от 1 ноября 1991 года на базе партийного архива Ярославского обкома КПСС был создан Центр документации новейшей истории Ярославской области.
Кроме того, в архив поступило огромное количество документов от ликвидированных партийных и комсомольских структур, которые необходимо было упорядочить и поставить на учет. В 90—х годах архивистами Центра было обработано и проведено описание около 49 тысяч партийных дел.
С апреля 1996 года Центр имеет статус филиала Государственного архива Ярославской области.
