В 30–40-х годах ХХ века при строительстве Рыбинского водохранилища была затоплена территория в 4600 километров. Под воду ушли 700 деревень, 140 церквей и монастырей, старинный русский город Молога. Погибший город унес с собой тайну, которая не разгадана до сих пор.
За полгода до создания сценария режиссер-постановщик Николай Викторов объехал с камерой Угличский и Мышкинский районы, где живут очевидцы тех событий-дети и внуки переселенцев. В день он записывал по несколько интервью. 40 часов документального материала легли в основу сценария. Реальные люди стали прототипами героев фильма. В фильме использованы фрагменты этих интервью, а также уникальная хроника затопления территорий, строительства Рыбинской ГЭС, фотографии из личных архивов бывших мологжан.
Фильм снимался в Угличе, Рыбинске и Мышкине. Действие происходит на протяжении 6 лет в тридцатых годах ХХ века и в наши дни. Группа задолго до экспедиции, еще в Москве начала подготовку к подводным съемкам, к историческим эпизодам с затоплением города и к сцене гибели людей. К съемкам были привлечены профессиональные дайверы, которые инструктировали актеров, и в особо сложных сценах дублировали их. Использовали специальные боксы, куда поместили камеры, чтобы снимать под водой.
Для исторической части картины собирали предметы и вещи 30-х годов прошлого века. Что-то нашли в антикварных магазинах и на рынках Углича и Мышкина, что-то приносили местные жители, а что-то было воссоздано художниками и декораторами по фотографиям 30-х годов.
В фильме принимали участие: Виктор Ерохин, историк-краевед, замдиректора Архитектурного историко-художественного музея, г. Углич; Владимир Гречухин, писатель, историк-краевед, сотрудник народного музея, г. Мышкин; Валерия Капустина, уроженка г. Молога; Николай Новотельнов, уроженец г. Молога, бывший председатель Общества мологжан; Леонид Иванов, историк, г. Рыбинск.