В 1995 году в дождливую августовскую ночь из врат были похищены шесть киотцев с живописными изображениями (Архангел Гавриил, возвещающий Богоматери о рождении у неё сына Иисуса, Богоматерь и 4 евангелиста).
След комплекта из этих вставок в царские врата, которые поступили в музей еще в первые годы его существования, затерялся. Однако в 2007 году киотцы были приобретены на одном из аукционов Московским Музеем русской иконы. Совсем недавно с помощью фотографии, сделанной в 1911 году С.М. Прокудиным–Горским, ведущий научный сотрудник Государственного Русского музея, заместитель директора по научной части музея Русской иконы Ирина Шалина их идентифицировала. Основатель и владелец Музея русской иконы Михаил Абрамов счел, что уникальный экспонат должен принадлежать законному владельцу – Ростовскому музею.
Царские врата - не первый музейный экспонат, переданный Музеем русской иконы в «Ростовский кремль». В 2011 году подобным же образом в Ростов вернулся деревянный резной крест XVI века, также похищенный 11 августа 1995 г.
