Андрей Юрьевич Шабалин родился 21 июля 1970 года в городе Навои Узбекской ССР. В 1992 году окончил Нижегородское высшее зенитно-ракетное командное училище ПВО, получив квалификацию «инженер по эксплуатации радиотехнических средств».
В 2010 году окончил юридический факультет Ярославского филиала Московского психолого-социального института.
С 1992 по 1994 год проходил военную службу в войсках ПВО МО России на должностях командного офицерского состава. С 1994 по 1996 год занимал должность старшего государственного налогового инспектора государственной налоговой инспекции города Нея Костромской области. С 1996 по 2003 год работал в Мантуровском МРО управления ФСНП России по Костромской области на должностях офицерского состава. С июля 2003 по декабрь 2003 года работал в Мантуровском межрайонном отделе управления Госнаркоконтроля России по Костромской области на должностях офицерского состава.
С 2003 по 2015 год работал в МВД России на должностях офицерского состава. Уволился из МВД России в соответствии с положением о прохождении службы на пенсию с должности начальника управления по борьбе с экономической преступностью в сфере сельского хозяйства, водных биоресурсов, торговли, пищевой, лесной, легкой промышленности, строительства и ЖКХ.
С 2016 года занимал должность заместителя генерального директора АО «ЯГК» по безопасности.
Женат, воспитывает двоих детей.