Он признан виновным в совершении преступления, предусмотренного ч.3 ст. 263 УК РФ (нарушение правил безопасности движения и эксплуатации воздушного транспорта, повлекшее по неосторожности смерть более двух лиц).
Как установлено в суде, Тимофееву было известно, что командир воздушного судна ЯК-42 и второй пилот не прошли профессиональное обучение и подготовку по разработанной программе, а также не принимали участия в тренировках по предупреждению сваливания воздушного судна и выводу его из режима сваливания и сложного пространственного положения.
Он также знал, что командир воздушного судна не проходил квалификационную проверку более 12 месяцев, а второй пилот не обучался управлению воздушным судном ЯК-42, в силу чего ни не могли быть допущены к полетам.
Тем не менее, Тимофеев не организовал им прохождения программы наземной подготовки и обучения по управлению указанным самолетом. Вместо этого он 19 июля 2011 г. издал приказ о формировании экипажа воздушного судна ЯК-42 в составе командира воздушного судна, второго пилота и бортмеханика, который был допущен к полетам.
Следствием незаконного допуска неготового к выполнению полетов экипажа явились нарушения, допущенные пилотами при взлете, в результате чего самолет выкатился за пределы взлетно-посадочной полосы и сразу после отрыва от земли столкнулся с антенной и контейнером системы курсового радиомаяка. После этого через 120 м произошло приземление самолета с левым креном, практически по продолженной оси взлетно-посадочной полосы, что привело к гибели 44 человек из числа членов экипажа и сотрудников НП ХК «Локомотив».
Также в результате катастрофы члену экипажа Александру Сизову причинена комбинированная травма, повлекшая причинение тяжкого вреда здоровью последнего по признаку опасности для жизни.
Авиакатастрофа привела к полному разрушению воздушного судна ЯК-42 Д № RA-42434, причинив его собственнику ФГУП «ГНКПЦ им М.В. Хруничева» крупный материальный ущерб в размере свыше 17 млн рублей.
В результате гибели пассажиров и частичной утраты багажа НП ХК «Локомотив» причинен крупный материальный ущерб в размере более 3 млн.рублей.
С учетом позиции государственных обвинителей суд назначил Тимофееву наказание в виде 5 лет лишения свободы с отбыванием в колонии-поселении. Вместе с тем, суд освободил Тимофеева от отбывания наказания в соответствии Постановлением Государственной Думы ФС РФ «Об объявлении амнистии в связи с 70-летием Победы в Великой Отечественной войне 1941-1945 годов».
