Музей расположен в часовне бывшего подворья Мологского Афанасьевского женского монастыря, который был разрушен и затоплен водами Рыбинского водохранилища.
Музей Мологского края рассказывает об истории и культуре затопленной в начале 1940-х годов водами Рыбинского водохранилища мологской земли в Ярославской области. Город Молога, 700 сёл и деревень были разрушены в результате строительства "рукотворного" моря, площадь которого составляет 4580 кв. км, а средняя его глубина - 5,6 м.
Основу экспозиции составили коллекции Мологского краеведческого музея, ликвидированного в 1936 году. Ежегодно музейное собрание пополняется новыми экспонатами. Вещи, переданные мологжанами, а также предметы, собранные во время экспедиций на Рыбинское водохранилище, становятся гармоничным дополнением экспозиции и дают представление о красоте и разнообразии Мологского края. Экспозиция насчитывает более 300 экспонатов, среди которых дворянская мебель, церковная утварь, вещи домашнего обихода, а также предметы, найденные в ходе археологических раскопок и экспедиций на Рыбинское водохранилище.
В экспозиции ярко освещён поворотный этап в судьбе Мологского края - переселение жителей Молого-Шекснинского междуречья. Предметы, фотографии, документы, газетные вырезки передают всю глубину человеческого горя. В конце экскурсии посетителям демонстрируются кадры кинохроник о переселении мологжан и современном состоянии Рыбинского водохранилища.
